El manejo de bacterias fitopatógenas requiere de una serie de medidas que de manera integrada posibiliten el éxito de control. Parte fundamental en el manejo integrado es el “Diagnóstico”, ya que de este dependerá́ las estrategias a seguir.
Las enfermedades causadas por bacterias son difíciles de controlar utilizando compuestos químicos, ya que éstos pueden provocar resistencia al agente causal. Además, las bacterias fitopatógenas producen abundantes cantidades de polisacáridos extracelulares, los cuales las protegen de algunos agentes químicos antibacteriales. El éxito del control de una enfermedad bacterial implica romper con el ciclo de vida y para esto, es necesario conocer el agente causal, los síntomas, la forma de diseminación y los factores ambientales que favorecen el desarrollo de la enfermedad. Es necesario diseñar un adecuado plan de prevención y control de la enfermedad. La prevención es la mejor estrategia para evitar la presencia de fitobacterias en los cultivos.
El control cultural mediante el manejo de humedad y minerales son sin duda la medida inicial con el objetivo de evitar la infección y dispersión de las bacterias, así como el control de plagas que pueden transmitirlas.
Por otra parte, la resistencia sistémica adquirida conocida como SAR por sus siglas en inglés (Systemic Adquire Resistance) es un mecanismo de defensa inducible que juega un papel importante en la defensa de las plantas al ataque de patógenos tales como hongos, bacterias y virus. Diversos microorganismos entre los que destaca el uso de bacterias se han utilizado para el control de bacterias fitopatógenas entre ellas Pseudomonas syringae es una de las más utilizadas. La resistencia genética es un componente importante en la reducción de la severidad dado que muchas variedades de diversos cultivos actualmente poseen tolerancia o resistencia genética.
Finalmente, el control químico de bacterias fitopatógenas se ha venido realizando desde hace muchos años siendo los bactericidas considerados como una alternativa para el manejo de estos fitopatógenos. El objetivo principal del control químico es eliminar a las bacterias antes de que estas penetren el tejido hospedero lo cual puede lograrse con una aplicación preventiva en las plantas sanas, antes de su contaminación por la bacteria.